Tato stránka vychází z podkladů pro tištěné studijní plány (tzv. Karolinku).
Studijní program P4I6 Informatika - Bioinformatika a výpočetní biologie
Oborová rada
Aktuální složení rady je na adrese http://mff.cuni.cz/phd/or/p4i6 .
Vypsaná témata
Jsou k nahlédnutí v SIS na adrese http://mff.cuni.cz/phd/temata/p4i6 .
Poskytovaná výuka
| kód | Předmět | ZS | LS | |
| NSWI201 | Doktorský bioinformatický seminář | 0/2 Z | 0/2 Z | |
| NMAI061 | Metody matematické statistiky | — | 2/1 Z+Zk | |
| NDBI042 | Techniky vizualizace dat | — | 2/1 Z+Zk | |
| NPRG043 | Doporučené postupy v programování | — | 2/2 KZ | |
| NPFL129 | Úvod do strojového učení v Pythonu | 2/2 Z+Zk | — | |
| NPFL114 | Hluboké učení | — | 3/2 Z+Zk | |
| MB151P133 | Matematické modelování v bioinformatice | 2/2 Z+Zk | — | |
| NMMA706 | Aplikované diferenciální rovnice | — | 2/2 Z+Zk | |
| MB151P98 | Design lékových forem | 2/2 Z+Zk | — | |
| MB151P111 | Genomika - postupy a algoritmy | 2/2 Z+Zk | — | |
| MB160P21 | Molekulární fylogenetika a taxonomie | 2/0 Zk | — | |
| MB151P113E | Analytické metody v nádorové a populační genomice a transkriptomice | 1/0 Zk | — | |
| MB100P08 | 4EU+ Kvantitativní mikroskopie | — | 1/4 Z+Zk | |
| MB140P86 | Metody funkční genomiky | — | 4/0 Zk | |
| MB162P25 | Evoluce genomu | — | 2/0 Zk | |
| MB170P124 | Základy evoluční biologie | 2/0 Zk | — | |
Seznam požadavků ke státní doktorské zkoušce
Doktorská zkouška se skládá ze dvou částí.
V první části zkoušky student prezentuje téma své disertační práce. Prezentace by měla obsahovat zasazení tématu práce do stávajícího kontextu, přehled výzkumu v dané oblasti, dosavadní pokrok v práci na zvoleném tématu a výhled do budoucnosti. Prezentace by též měla jasně ukazovat jaké oblasti biologie a informatiky/matematiky dané téma integruje, či rozvíjí.
Druhá část zkoušky zahrnuje diskuzi na základě prezentace a dodaných témat (viz. níže). Bioinformatika a výpočetní biologie je interdisciplinární program, kde se výzkumná témata opírají o výsledky z informatiky/matematiky a biologie. Diskuze/zkouška se zaměřuje na tyto dvě oblasti s orientací na téma dizertační práce. Konkrétní dvě témata (informatika/matematika a biologie), spolu se seznamem literatury, navrhne školitel a předloží je oborové radě. Současně vedoucí navrhne také 2 odborníky v oblastech definovaných navrženými tématy (tito mohou, ale nemusí být rekrutováni z řad členů oborové rady).
Sekvenční bioinformatika a výpočetní genomika
- –Pevsner, Jonathan. Bioinformatics and functional genomics. John Wiley & Sons, 2015
- –Durbin, Richard, et al. Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge university press, 1998.
Strukturní bioinformatika
- –Gu, Jenny, and Philip E. Bourne, eds. Structural bioinformatics. John Wiley & Sons, 2009.
Počítačový vývoj léčiv
- –Young, David C. Computational drug design: a guide for computational and medicinal chemists. John Wiley & Sons, 2009.
- –Stromgaard, Kristian, Povl Krogsgaard-Larsen, and Ulf Madsen, eds. Textbook of drug design and discovery. CRC press, 2009.
Molekulární modelování
- –Hinchliffe, Alan. Molecular modelling for beginners, Second Edition. John Wiley & Sons, 2008.
Fylogenetika
- –Wiley, Edward Orlando, and Bruce S. Lieberman. Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics. John Wiley & Sons, 2011.
Systémová biologie
- –Alon, Uri. An introduction to systems biology: design principles of biological circuits. CRC press, 2019.
Neuroinformatika
- –Bear, Mark, Barry Connors, and Michael A. Paradiso. Neuroscience: exploring the brain, enhanced edition: exploring the brain. Jones & Bartlett Learning, 2020.
- –Dayan, Peter, and Laurence F. Abbott. Theoretical neuroscience: computational and mathematical modeling of neural systems. MIT press, 2005.
Strojové učení
- –Hastie, Trevor, et al. The elements of statistical learning: data mining, inference, and prediction. Vol. 2. New York: springer, 2009.
- –Goodfellow, Ian, Yoshua Bengio, and Aaron Courville. Deep learning. MIT press, 2016.
