Studijní program P4I6 Informatika - Bioinformatika a výpočetní biologie

Oborová rada

Aktuální složení rady je na adrese http://mff.cuni.cz/phd/or/p4i6 .

Vypsaná témata

Jsou k nahlédnutí v SIS na adrese http://mff.cuni.cz/phd/temata/p4i6 .

Poskytovaná výuka

kód	Předmět	ZS	LS
`NSWI201`	Doktorský bioinformatický seminář	0/2 Z	0/2 Z
`NMAI061`	Metody matematické statistiky	—	2/1 Z+Zk
`NDBI042`	Techniky vizualizace dat	—	2/1 Z+Zk
`NPRG043`	Doporučené postupy v programování	—	2/2 KZ
`NPFL129`	Úvod do strojového učení v Pythonu	2/2 Z+Zk	—
`NPFL114`	Hluboké učení	—	3/2 Z+Zk
`MB151P133`	Matematické modelování v bioinformatice	2/2 Z+Zk	—
`NMMA706`	Aplikované diferenciální rovnice	—	2/2 Z+Zk
`MB151P98`	Design lékových forem	2/2 Z+Zk	—
`MB151P111`	Genomika - postupy a algoritmy	2/2 Z+Zk	—
`MB160P21`	Molekulární fylogenetika a taxonomie	2/0 Zk	—
`MB151P113E`	Analytické metody v nádorové a populační genomice a transkriptomice	1/0 Zk	—
`MB100P08`	4EU+ Kvantitativní mikroskopie	—	1/4 Z+Zk
`MB140P86`	Metody funkční genomiky	—	4/0 Zk
`MB162P25`	Evoluce genomu	—	2/0 Zk
`MB170P124`	Základy evoluční biologie	2/0 Zk	—

Seznam požadavků ke státní doktorské zkoušce

Doktorská zkouška se skládá ze dvou částí.

V první části zkoušky student prezentuje téma své disertační práce. Prezentace by měla obsahovat zasazení tématu práce do stávajícího kontextu, přehled výzkumu v dané oblasti, dosavadní pokrok v práci na zvoleném tématu a výhled do budoucnosti. Prezentace by též měla jasně ukazovat jaké oblasti biologie a informatiky/matematiky dané téma integruje, či rozvíjí.

Druhá část zkoušky zahrnuje diskuzi na základě prezentace a dodaných témat (viz. níže). Bioinformatika a výpočetní biologie je interdisciplinární program, kde se výzkumná témata opírají o výsledky z informatiky/matematiky a biologie. Diskuze/zkouška se zaměřuje na tyto dvě oblasti s orientací na téma dizertační práce. Konkrétní dvě témata (informatika/matematika a biologie), spolu se seznamem literatury, navrhne školitel a předloží je oborové radě. Současně vedoucí navrhne také 2 odborníky v oblastech definovaných navrženými tématy (tito mohou, ale nemusí být rekrutováni z řad členů oborové rady).

Sekvenční bioinformatika a výpočetní genomika

–Pevsner, Jonathan. Bioinformatics and functional genomics. John Wiley & Sons, 2015
–Durbin, Richard, et al. Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge university press, 1998.

Strukturní bioinformatika

–Gu, Jenny, and Philip E. Bourne, eds. Structural bioinformatics. John Wiley & Sons, 2009.

Počítačový vývoj léčiv

–Young, David C. Computational drug design: a guide for computational and medicinal chemists. John Wiley & Sons, 2009.
–Stromgaard, Kristian, Povl Krogsgaard-Larsen, and Ulf Madsen, eds. Textbook of drug design and discovery. CRC press, 2009.

Molekulární modelování

–Hinchliffe, Alan. Molecular modelling for beginners, Second Edition. John Wiley & Sons, 2008.

Fylogenetika

–Wiley, Edward Orlando, and Bruce S. Lieberman. Phylogenetics: theory and practice of phylogenetic systematics. John Wiley & Sons, 2011.

Systémová biologie

–Alon, Uri. An introduction to systems biology: design principles of biological circuits. CRC press, 2019.

Neuroinformatika

–Bear, Mark, Barry Connors, and Michael A. Paradiso. Neuroscience: exploring the brain, enhanced edition: exploring the brain. Jones & Bartlett Learning, 2020.
–Dayan, Peter, and Laurence F. Abbott. Theoretical neuroscience: computational and mathematical modeling of neural systems. MIT press, 2005.

Strojové učení

–Hastie, Trevor, et al. The elements of statistical learning: data mining, inference, and prediction. Vol. 2. New York: springer, 2009.
–Goodfellow, Ian, Yoshua Bengio, and Aaron Courville. Deep learning. MIT press, 2016.